En septiembre de 1990, realiza muestras individuales en el Paço Imperial (RJ), y en la galería Ipanema (RJ).
En abril de 1991, realiza muestra con telas sobre lona cruda en el Gabinete de Arte Raquel Arnaud. En septiembre, presenta una exposición individual en el gran teatro del Palácio das Artes (BH), con monotipias realizadas en Rio Acima y retrabajadas en el taller.
El año siguiente, realiza la individual Carlos Vergara, Obras Recentes 1989-1991, en el Centro de Arte Moderna de la Fundação Calouste Gulbenkian (Lisboa), en la capilla de Morumbi (SP), organiza una instalación con cuatro monotipias en papel de poliéster, presas directamente al techo, consideradas “pinturas fuera de la pared”. En 1993, ese trabajo es otra vez armado en el Centro Cultural Banco do Brasil (sección Rio de Janeiro). Realiza individual en la galería Francis Van Hoof, en Antuerpia.
El año siguiente, hace una muestra individual en el Gabinete de Arte Raquel Arnaud y participa de la Bienal Brasil Século XX, en la Fundação Bienal (SP). Aún en 1994, por invitación del Instituto Goethe, integra el equipo de artistas brasileños y alemanes que realiza parte del trayecto original de la Expedición Langsdorff. En 1995, el resultado de esta experiencia es presentado en la muestra O Brasil de Hoje Espelho do Século 19 – Artistas Alemães e Brasileiros Refazem a Expedição Langsdorff (el Brasil de hoy espejo del siglo 19 – artistas alemanes y brasileños rehacen la expedición Langsdorff), en la Casa França-Brasil (RJ) y en el Museu de Arte Moderna de São Paulo/Masp. Ese mismo año, realiza individuales en la galería Debret (Paris) y en la galería Paulo Fernandes (RJ) y crea paneles para el Morumbi Office Tower (SP).
Entre 1996 y 1997, realiza la serie intitulada Monotipias do Pantanal, mostrada en el Museu de Arte Moderna de São Paulo. Ese mismo año, presenta individual de grabados en la Fundação Castro Maya (RJ), integra la Bienal del Mercosur (POA) e, invitado por Nelson Brissac Peixoto, participa del proyecto Arte/Cidade 3, A Cidade e suas Histórias, en las ruinas de la fábrica Matarazzo (SP). En esa ocasión, Vergara realiza Farmácia Baldia, con la ayuda de botánicos de la Universidade de São Paulo/USP y del arquitecto paisajista Oscar Bressane. En 1998, recibe el premio Mário Pedrosa, de la Asociación Brasileña de Críticos de Arte/ABCA, por su muestra Monotipias do Pantanal: Pinturas Recentes, en el MAM-SP. En septiembre, participa de la exposición Poéticas da Cor, en el Centro Cultural Light (RJ) con la instalación Limonita “minério encharcado”. Realiza la individual Os Viajantes, en el Paço Imperial. En noviembre de 1999, la Pinacoteca del Estado de São Paulo organiza la muestra antológica Carlos Vergara 89/99.